中山大学大气科学学院成立于2015年10月，其前身是1961年创办的中山大学地理学系气象学专业。1979年，中山大学在地理学系气象学专业的基础上成立了气象学系，并开始招收天气动力学专业硕士研究生。1986年，气象学系更名为大气科学系，增设了气候学硕士点和大气物理学与大气环境本科专业。1998年获得气象学博士学位授予权，1999年开始招收气象学博士研究生。2001年获得大气物理学与大气环境专业硕士点，2009年获准设立大气科学一级学科博士后科研流动站，2010年获得大气科学博士学位授权一级学科。2015年10月，中山大学整合原环境科学与工程学院中的大气科学系、中山大学季风与环境研究中心和中山大学地球气候与环境系统研究院等学科机构，成立了大气科学学院。
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